Сегежское благочиние входит в состав Костомукшской епархии Карельской митрополии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат). Решением Священного Синода от 29 мая 2013 г. (журнал № 41) была образованна Костомукшская епархия (Карельская митрополия).